Oceanógrafo, sua trajetória profissional é marcada pelos trabalhos em gerenciamento costeiro, manejo de recursos naturais junto a comunidades tradicionais e gestão participativa de unidades de conservação. Foi diretor e participou na elaboração e implantação do Plano de Manejo do Parque Estadual da Ilha do Cardoso, onde foi pioneiro na criação de conselho gestor de unidades de conservação no Brasil. Marcos têm como premissa em seus trabalhos o fortalecimento de lideranças e entidades locais de modo a participarem de instâncias formais de gestão. Reside e atua no litoral sul de São Paulo, Complexo Estuarino Lagunar de Cananéia, Iguape e Ilha Comprida, região reconhecida como Patrimônio Natural da Humanidade pela Unesco.